Salut!
A mai pățit cineva să se lovească de dificultăți când vine vorba de microscopie în contextul lucrării de disertație/teză de doctorat? Mă refer strict la partea de imagini, nu la tehnicile propriu-zise.
Eu lucrez pe un studiu despre eroziunea dentară și am nevoie de microfotografii de calitate pentru a ilustra leziunile. Am acces la microscopul din cabinetul universitar, dar sincer, nu știu dacă setările sunt optime pentru ce vreau eu. Am încercat diverse combinații de obiective și iluminare, dar parcă nu prind detaliile fine pe care le-aș vrea.
Mă gândeam dacă există vreo recomandare de software specializat pentru procesarea imaginilor microscopice dentare, sau poate cineva a mai lucrat cu un microscop similar și ar putea să-mi dea un sfat. Mă lupt cu asta de câteva zile și începe să mă frustreze.
Coordonatorul meu e super ocupat și nu prea are timp să mă ajute cu aspecte tehnice, așa că apelez la voi. Orice sugestie ar fi binevenită!
Salut Mark,
Te înțeleg perfect! Microscopia, mai ales când vrei imagini cu adevărat bune pentru disertație/teză, poate fi o bătaie de cap. Și eu am trecut prin asta, crede-mă! Lucram pe analiza structurii osoase și am avut exact aceeași problemă cu detaliile fine.
Legat de microscopul universitar, e posibil să nu fie calibrat optim pentru ce ai tu nevoie. Obiectivele sunt importante, dar și iluminarea joacă un rol crucial. Ai încercat iluminarea Köhler? E un pic migăloasă la început, dar face o diferență enormă în claritatea și contrastul imaginii.
În ceea ce privește software-ul, depinde mult de ce vrei să faci cu imaginile. Pentru procesare de bază (contrast, luminozitate, sharpness) poți folosi ImageJ/Fiji. E gratuit, open-source și are o grămadă de plugin-uri. Pentru analiza mai complexă, cum ar fi măsurători precise sau cuantificare, eu am lucrat cu CellProfiler și mi-a plăcut foarte mult, dar are o curbă de învățare mai abruptă.
Dacă ești interesat de imagini 3D sau de reconstrucție, ar trebui să te uiți la programe ca Imaris sau Amira, dar astea sunt destul de scumpe și probabil nu sunt necesare pentru studiul tău.
Înainte să te apuci de procesare, asigură-te că ai salvat imaginile în format TIFF, nu JPEG. JPEG-ul comprimă imaginea și pierzi detalii importante.
Și nu te frustra! E normal să dureze până obții rezultatele dorite. Dacă poți, încearcă să găsești pe cineva din laborator care are experiență cu microscopia și cere-i ajutor. Chiar și o sesiune scurtă de "antrenament" poate fi de mare folos.
Mult succes cu disertația! Dacă mai ai întrebări, nu ezita să mă întrebi.